母系制（ぼけいせい、ドイツ語：Matrilinearität 英: matriliny）とは、動物において、母方の血筋によって家族や血縁集団を組織する社会制度である。シャチ等に見られる。対義語には父系制がある。類似する言葉に母権制（ぼけんせい、英: matriarchy）がある。